À propos de Marion Louveaux

Analyse de donnnées et d’images biologiques

Je suis bioimage analyste, data scientist et développeuse R. J’analyse des images biologiques prises au microscope à l’aide de divers logiciels d’analyse d’image et je traite les données que j’en extrait à l’aide notamment du logiciel R pour des clients académiques ou privés. Je suis également formatrice à l’analyse d’image et à l’analyse de données. Enfin, je suis investie dans les communautés open source d’analyse d’image et R.

J’ai une formation d’ingénieur en agronomie. Les systèmes agricoles sont des systèmes complexes. Les comprendre requiert des connaissances dans différentes disciplines, ainsi que la capacité à aller chercher l’information auprès de personnes sources, quelles qu’elles soient, et la capacité à se former soi-même à de nouvelles thématiques. Cette formation m’a donné l’opportunité de développer ma capacité à m’adapter à de nouvelles situations et de nouvelles problématiques. Elle m’a aussi donné l’envie d’aller vers des projets à l’interface entre plusieurs disciplines. J’ai choisi de faire une thèse par curiosité pour la biologie fondamentale, dont j’ai eu un aperçu en classe préparatoire et en école d’ingénieur. La thèse est souvent perçue comme une hyperspécialisation dans un domaine de recherche très pointu. J’ai eu néanmoins la chance de trouver un sujet à l’interface entre la physique et la biologie, de pouvoir travailler dans une équipe multisciplinaire et de pouvoir collaborer avec des scientifiques venant de domaines différents. J’ai développé mes compétences en biophysique, mais aussi en microscopie, en analyse d’image, en programmation et en statistiques, le tout appliqué à une question de biologie du développement. Les organismes en développement sont eux aussi des systèmes complexes, qui se modifient en 3D et au cours du temps. Des organismes d’une même espèce partagent des caractéristiques communes par rapport à ce schéma de développement, mais chaque individu est unique. J’ai un intérêt particulier pour la quantification de la variabilité spatio-temporelle et de la robustesse des phénomènes développementaux, à partir de l’analyse d’images, principalement d’images microscopiques.

Par ailleurs, j’aime partager mes intérêts scientifiques avec d’autres scientifiques venant de domaines différents, mais aussi avec le grand public, des enfants de maternelle aux adultes. Ce blog est aussi une façon pour moi de partager la science.

Expérience

2019 - today: Ingénieur application pour le logiciel d’analyse d’images Icy. Unité d’analyse d’images biologiques, Institut Pasteur, France.

2016 - 2019: Chercheuse en contrat postdoctoral. “Étude de la morphogenèse de la racine latérale chez Arabidopsis thaliana par microscopie à feuillet de lumière”. Université d’Heidelberg, Allemagne.

2016: Chercheuse en contrat postdoctoral (bourse EMBO court terme de 3 mois). “Caractérisation des microtubules corticaux dans l’embryon d’Arabidopsis thaliana”. Université de Wageningen, Pays-Bas.

2012 - 2015: Thèse sur le “Rôle des contraintes mécaniques sur l’orientation du plan de division dans le méristème apical caulinaire d’Arabidopsis thaliana”. ENS de Lyon. France.

Financements

2016: Bourse EMBO court terme - 3 mois.
2012: Bourse de thèse de la Région Rhônes-Alpes - 3 ans.

Education

2012 - 2015: ENS de Lyon, Lyon. Doctorat en Sciences de la vie.
2011 - 2012: AgroParisTech, Paris. Master “Sciences du végétal”.
2009 - 2012: Agrocampus Ouest, Rennes. Diplôme d’ingénieur agronome.

Compétences techniques

  • Analyse d’images biologiques
    ImageJ/Fiji, MorphoGraphX (segmentation 3D), Ilastik (classification de pixels), manipulation de meshes 3D avec R, Icy
  • Programmation informatique
    Langage R et R Shiny (3 packages R), ImageJ/Fiji macro language, git, GitHub, GitLab, CI, Linux, Bash, LATEX, Arduino, notions en Matlab et Python.
  • Analyse de données
    Modèle Linéaires Généralisés, analyse de variance, analyse multivariée, morphométrie et machine learning.
  • Microscopie
    Champ clair, confocal (balayage laser et spinning disk) et microscopie à feuillet de lumière.
  • Biophysique
    Ablation laser infrarouge et UV, nano-indentation.

Compétences interpersonnelles

  • Collaborations (avec des physiciens (modélisateurs et expérimentalistes), statisticiens, informaticiens, géostatisticiens, et développeurs R)
  • Méthode Agile et approche DevOps
  • Réseaux professionnels
    • Analyse d’images biologiques: NEUBIAS
    • Programmation R: R Ladies remote, Grrr
  • Communications scientifiques (cf. publications)
    • 2 articles et 1 revue en premier auteur
    • 2 articles et 1 revue en co-auteur
    • Conférences internationales (6 présentations orales dont 2 sur invitation)
    • 3 packages R sur mon compte GitHub
  • Formations données
    • Programmation R pour les débutants
    • Analyse d’image pour les débutants
    • Statistiques pour les étudiants de licence en biologie
    • Le cytosquelette des cellules Eucaryotes
    • Qualification aux fonctions de maître de conférences, section 66 and 65 (2018)
    • Co-organisatrice des Training Schools NEUBIAS n°10 et de la n°15
    • Co-organisatrice, modératrice et formatrice sur les webinars de la NEUBIAS Academy
  • Encadrement (6 étudiants de licence et master)
  • Vulgarisation scientifique
    • Fêtes de la Science
    • Interventions auprès d’élèves en maternelle et primaire
    • Art & Science

Citation :

Merci de citer ce travail avec :
. (2020, Oct. 24). "À propos de Marion Louveaux". Retrieved from https://marionlouveaux.fr/fr/about/.

Citation BibTex : 
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